องค์การสะพานปลาได้ดำเนินงานตามนโยบายสำคัญของรัฐบาล ดังนี้

          เพิ่มบทบาทการดำเนินงานเพื่อขับเคลื่อนนโยบายสำคัญของรัฐบาลอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล

โครงการในแผนปฏิบัติการ ประกอบด้วย

1. การป้องกัน ยับยั้ง และขจัดการประมง IUU โดยร่วมกับกรมประมง ในการจัดทำข้อมูลเบื้องต้น จากสะพานปลา ท่าเทียบเรือประมง อสป. ซึ่งปัจจุบันได้ดำเนินการในการรับรองน้ำหนักสัตว์น้ำ เพื่อนำไปสู่การจัดทำเอกสาร MCPD ภายใต้ระบบตรวจสอบย้อนกลับสัตว์น้ำของไทย

2. โครงการ FMO e-MCPD เพื่อสนับสนุนมาตรการป้องกันการทำประมงผิดกฎหมาย(IUU Fishing)  ในการจัดให้สะพานปลาท่าเทียบเรือประมงขององค์การสะพานปลาเป็นจุดรับแจ้งเรือเข้า-ออกให้การจัดเก็บข้อมูลการทำประมง ณ สถานที่ขนถ่ายสัตว์น้ำ มีความรวดเร็ว ถูกต้องและสามารถตรวจสอบได้  ให้บริการข้อมูลแหล่งที่มาของสัตว์น้ำแก่ผู้ผลิต ผู้ประกอบการ เพื่อใช้ตรวจสอบความถูกต้องของที่มาของวัตถุดิบและประสานงานกับหน่วยตรวจสอบต่างๆ ในการสอบทานข้อมูลเรือประมง เพื่อป้องกัน IUU Fishing